Tutte le specie del genere Rubricatochromis sono state scisse dal genere Hemichromis, al quale erano prima ascritte, sulla base di parametri sia genetici che morfometrici.
Indagando su i loro geni nucleari e mitocondriali, sulle dimensioni e la forma dei corpi e valutazioni delle colorazioni, studiosi come Koblmüller e Lamboj hanno tratto una filogenesi che ha portato a rinomenclare le nove specie, con ulteriore studio approfondito da Bitja-Nyom, Agnèse, Pariselle, Bilong-Bilong, Gilles, e Snoeks, con la denominazione Rubricatochromis, con radice dal termine latino "Rubricatus" ovvero "tinto di rosso".
Per completezza va detto che oltre le nove specie ufficiali sono state comprese in questo genere anche quattro specie non ancora descritte:
